Quando nel II secolo della nostra era fu costituita l’arcidiocesi, si ritiene che sia stata costituita anche una parrocchia nell’allora Scupi, cioè nell’odierna Skopje. Il centro della Chiesa d’Occidente, che a quel tempo si trovava a Salonicco, fu trasferito a Skopje, nella cosiddetta «piccola Roma». Con l’arrivo degli Slavi, che erano pagani, molte chiese furono abbattute; più tardi, quando gli Slavi accolsero la fede cristiana, quelle chiese furono nuovamente edificate.
Nel 1054 avviene lo scisma del cristianesimo, quando la Chiesa si divise in Chiesa d’Oriente e Chiesa d’Occidente. A Skopje, come su tutto il territorio della Macedonia, vi erano fedeli che rimasero in unità con Roma, mentre la maggior parte era legata a Bisanzio, cioè a Costantinopoli.
La Chiesa si trovò in una situazione particolare quando gli Ottomani conquistarono queste terre. Il loro atteggiamento verso i fedeli cattolici e verso quelli ortodossi non era lo stesso. Gli Ottomani ritenevano che nel mondo occidentale fosse il Papa il principale organizzatore della lotta contro l’Impero ottomano. Proprio per questo perseguitarono in modo particolare i cattolici, a cominciare dal vescovo locale. Abbatterono molte chiese e monasteri, alcune chiese le trasformarono in moschee, e così vi furono molti martiri fra i vescovi, i sacerdoti e i fedeli laici.
Infine l’arcivescovo Pashk Trokshi, con l’aiuto di una donazione cattolica austriaca, riuscì a costruire a Skopje una cattedrale che nel 1902 fu dedicata al Sacratissimo Cuore di Gesù. Insieme alla cattedrale furono edificati anche la residenza vescovile e i locali necessari al lavoro pastorale nella parrocchia. La chiesa cattolica di allora sorgeva nell’attuale centro della città (nel luogo dove oggi si trova la Casa memoriale di Madre Teresa), nell’odierna via «Makedonija», che a quel tempo si chiamava «Širok sokak». Quando il sultano veniva in visita a Skopje, veniva accolto proprio davanti alla cattedrale.
La residenza vescovile fu abbattuta durante la Seconda guerra mondiale, mentre la cattedrale fu danneggiata dal catastrofico terremoto del 1963. Quanto al recupero degli edifici distrutti di Skopje, sul quale si decideva per commissioni, la prima commissione stabilì che la cattedrale poteva essere restaurata, mentre la seconda, per motivi politici, decise che la cattedrale doveva essere demolita. In seguito l’ordinariato vescovile cercò un terreno per la cattedrale e lo ottenne fra la via Mitropolit Teodosij Gologanov e la via Petar Pop Arsov. Così nel 1982 fu costruita la nuova cattedrale, mentre il centro pastorale fu terminato nel 1983. Nel centro pastorale trovarono sede il seminario vescovile e il liceo classico per i candidati al sacerdozio.
Nel quartiere di Bit Pazar, a Skopje, esisteva un orfanotrofio per i bambini senza genitori e per i poveri. L’orfanotrofio era diretto dalle religiose di san Vincenzo de’ Paoli, le Figlie della Carità (Usmiljenke). Nell’ambito dell’orfanotrofio si trovavano anche una cappella dedicata a san Giuseppe (tuttora in funzione) e una casa per le religiose. Durante il terremoto del 1963 la cappella e l’orfanotrofio furono distrutti; più tardi, con l’aiuto di un’organizzazione umanitaria di Vienna, furono ricostruiti sotto forma di baracche prefabbricate, una delle quali serviva da cappella, mentre nelle altre vivevano i sacerdoti e le religiose.
Della parrocchia di Skopje fanno parte le città di Veles, Tetovo e Gostivar.